Αρχικά ιδρύθηκε το Πρωκτολογικό Τμήμα. Η απόφαση για την ίδρυση του Πρωκτολογικού Τμήματος ελήφθη στη Γενική Συνέλευση, που πραγματοποιήθηκε στη διάρκεια των «Γαστρεντερολογικών Ημερών» Ανοιξης, στη Λεμεσό της Κύπρου στις 18 Ιουνίου 1988.
Αφορμή αποτέλεσε η Επιστημονική Εκδήλωση των Ελληνογαλλικών Πρωκτολογικών Ημερών που πραγματοποιείτο εκείνη την εποχή στην Αθήνα. Πρωτοπόροι της ίδρυσης ήταν οι: Βασίλειος Γεωργούλης, Κων/νος Νικολαϊδης, Ηλίας Φωκάς, Ιωάννης Χριστοδουλόπουλος, Παναγιώτης Πούγγουρας και Νικόλαος Παπανικολάου.
Το 2012 μετονομάστηκε σε Τμήμα Πρωκτού-Παχέος Εντέρου